文庙内的[u]石碑[/u]从宋代到清朝年间历史悠久。值得一提的是，在考古发掘中，府学文庙还出土一块济南迄今为止体积最大的古代“龙头碑首”，高逾两米。据此推断，碑身将十分硕大。目前，这座石碑的碑身、碑座在哪，已经无从得知，或已遭人砸碎毁弃，或就藏在文庙地下的某个地方。倒是这块碑首的年代，引起专家的好奇。济南市考古研究所李铭所长认为可能为元代遗物，他介绍，古代石碑是经过封建王朝统治机构批准之后才建的，建造规格有着严格的礼制限定，如此巨大碑首的出现，说明当时统治者对于府学文庙祭孔活动的重视。
大成殿西侧立有一个高2.2米、宽0.82米的石碑，上书“龙门”两个狂草大字，龙飞凤舞。据考证这是清代早期的石刻，上面的两个大字一气呵成，看上去像一个字，其实是由两个字连在一起组成的，非常见功力，据道光二十年刻印的《济南金石志》中记载，这“龙门”石刻原是峨眉山的，被当时的“山阴金公”拓下，带到济南，与“虚斋张公”仿照刻立的，当时石刻就立于“府学大成门内西壁上”。“龙门碑”具有很高的艺术价值，后来被存放在闵子骞墓园内，又被请回府学文庙。这块碑颇为奇特，上面的字打眼一看像“龙”又像“门”，两字上下部连为一体。根据落款，“龙门”的作者为一位“沂水人”，寓意鲤鱼跳龙门。
2003年，当时还在济南市博物馆考古部工作的李铭，在文庙大成殿北墙处发掘出两截刻有孔子像的石碑，石碑是清代人临摹唐代“画圣”吴道子所画孔子像刻制的。石碑出土后，被运到济南市博物馆存放，并在李铭的主持下进行修复。如今，观众可以从市博物馆内看到它的风采。