两年后，文传源与林士谔、赵震炎等一众著名教授创建了飞机设备系并担任系主任，这也是北航自动化科学与电气工程学院的前身。自此，他成为了北航飞行器控制、制导与仿真学科的带头人。
1957年下半年，文传源提出了研制无人驾驶飞机的总体技术方案。此后，方案经时任北京航空学院院长武光报请周总理同意，于1958年6月29日组织数十名教师、技术人员以及外单位的有关人员开始研制。
彼时文传源面对的，是“一无资料、二无经验、三无设备”的艰难条件。当时也有苏联专家对文传源说，在中国现在缺少设备、缺少研制条件的情况下，你们绝不可能成功研发无人飞机。

我国第一架无人驾驶飞机“北京五号”

就是凭着“不服输”的精神，文传源带领近300名北航师生埋头苦干，在1958年10月1日实现了我国第一架无人驾驶飞机“北京五号”无线电引导着陆成功试飞。消息传到苏联后，曾经不看好文传源的专家也对他表示敬佩。
此后，文传源又带领团队顺利完成其他阶段的试飞任务，实现了中国无人驾驶飞机历史上“零的突破”。曾有报道记录，文传源在飞机研制阶段的体重，从53公斤下降到了44公斤。
“大鹏劲搏凌霄志，红日高去飘彩云！”这句诗，正是文传源充满自豪的慨叹。
“北京五号”试飞近20年后，文传源又接到一项重要工作，国务院和中央军委任命其担任歼六飞行模拟机总体设计组组长。此后，他协调全国40余个协作单位，历经8年攻坚克难完成了模拟机的研制，并顺利交付空军使用。这一项目填补了我国空白，为飞行模拟机的发展奠定了基础，1985年获得了国家科技进步一等奖。