6调整肠胃

藿香含挥发油，能促进胃液分泌，增强食欲和消化机能，并对胃肠有解痉、防腐作用，故有芳香健胃之功，而为本方主药。
紫苏、生姜、陈皮，均能使消化液分泌增加，抑制肠内异常发酵，促进积气排出，故可加强主药藿香行气健胃之力。
紫苏尚可增强胃肠蠕动；陈皮则可缓解胃肠平滑肌之痉挛；白术所含挥发油少量时亦能缓和胃肠蠕动；半夏则有较为明显的镇吐效能。
诸药配合，以纠正胃肠功能紊乱，有利于呕吐、腹泻等症状的缓解。

7发汗、解热

藿香及生姜均具有促进发汗之功；紫苏有解热之效，合而能解表祛湿。

8利尿作用

白术利尿作用较为明显；茯苓亦有一定利尿效果，合而又能利水渗湿。

9祛痰止咳

桔梗所含皂甘，及陈皮所含挥发油，均有剌激性祛痰作用；半夏的镇咳作用明显；甘草则既能祛痰，又能镇咳；陈皮对气管及支气管有轻度扩张作用，而有助于平喘。
诸药配合，有祛痰、止咳平喘之效。

10抑菌、抗病毒

厚朴有广泛抗菌作用，其抗菌成分较稳定，不易被热、酸、碱等所破坏。试验证明，其对金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、痢疾杆菌等均有抑制作用。
紫苏对大肠杆菌、痢疾杆菌、葡萄球菌等亦有抑制作用。
藿香所含广藿香酮则对金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、痢疾杆菌、甲型溶血性链球菌、肺炎双球菌，均有抑制作用。

11水土不服

藿香正气水(液)具有解表化湿、理气和中的作用，可以缓解消化不良、呕吐、腹泻等胃肠道不适。
每次服10毫升，每天3次，能够缓解水土不服症状。

12晕车晕船

可用医用棉签蘸取藿香正气水，直接外涂肚脐，或将药液敷于肚脐内，有一定的预防作用。