宋代时，兴国寺又加扩建。宋末明初，因连年战乱，寺院“殿堂蓁芜，无存一砖一瓦”。


明成化四年（公元1468年），苏贤捐资重建，大雄宝殿、天王殿及僧寮、库房等全部予以重修，殿内塑释迦牟尼、地藏王菩萨、十八罗汉、四大天王等像。


明朝刘敕的《咏兴国寺》一诗生动描绘山色古寺的优美：“数里城南寺，松深曲径幽。片湖明落日，孤蜂插清流。云绕山僧室，苔侵石佛头。洞中多法水，为客洗烦愁。”